Institutul de Studii Latino-Americane este parte a Școlii Naționale de Studii Politice și Administrative(SNSPA) având o dublă subordonare: în fața Senatului SNSPA și a Consiliului Departamentului de Relații Internaționale și Integrare Europeană.
ISLA își autofinanțează activitatea prin venituri realizate din activitățile desfășurate, fonduri provenite din proiecte în care centrul este parte sau le coordonează, sponsorizări, donații și resursele puse la dispiziție de partenerii săi.
Institutul va fi condus de un Consiliu Director, prezidat de directorul ISLA. Detalii suplimentare privind organizarea și conducerea Institutului se găsesc în Regulamentul de organizare și funcționare acestuia.